La oferta gastronómica de la isla se concentra en el pequeño pueblo de Holbox, con poquitas y pequeñas calles, pero muchas opciones a la hora de salir a almorzar o cenar. Si bien hay algunas opciones para probar la tradicional cocina mexicana, abundan los lugares de onda internacional, por lo que es fácil encontrarse con restaurantes de pizza, sushi, pescados, mariscos, carnes y hamburguesas, como también con opciones vegetarianas y veganas. Por supuesto, también hay alternativas para comer o tomar un trago frente a la playa principal de Holbox, que coincide con la zona hotelera.

La isla Holbox está inserta dentro de la Reserva Ecológica Yum Balam, por lo que es un espectacular lugar para apreciar la flora y fauna que se conserva en ella de manera especial. Sus playas son indescriptibles y se reparten a lo largo y ancho de toda la isla, destacando por sobre todo Holbox, Casa Blanca, Punta Cocos, Punta Mosquito, Cabo Catoche y la isla Pasión.

Además de las playas, hay que visitar el cenote -también llamado "hoyo negro"- Yalahau. Éste se ubica en el continente, frente a Holbox, y es una laguna rodeada de manglares y muchísima vegetación dentro del cual se puede nadar de forma tranquila, sobre todo sabiendo que, según cuenta la leyenda, en sus aguas se encuentra la "fuente de la eterna juventud". Además, dispone de un mirador para observar el impresionante paisaje desde lo alto.

A 30 minutos navegando desde Holbox se halla la isla Pájaros, denominada así por la gran cantidad de aves que en ella habitan, como flamencos, fragatas, pelícanos, ibis blancos, cigüeñas, cormoranes y patos, entre otras 155 especies que llegan allí en algún momento del año. No es posible caminar por la isla para proteger y no interferir en el hábitat natural de estas especies, por lo que se han dispuesto diversos puntos de observación que vale la pena visitar al atardecer. 

Un impresionante fenómeno natural del que goza Holbox es la bioluminiscencia. En las noches de luna nueva, entre julio y enero, las playas del sur de la isla se iluminan gracias a pequeños microorganismos (plancton bioluminiscente) que generan luz azul en el roce con las olas. Hay opciones para vivir esta experiencia desde la orilla del mar, o bien en kayak.